La pregunta es más fácil de contestar si se hace al revés. No por qué se baila el Chacha-cha en el tiempo dos sino por qué al tiempo en que se baila el Chacha-chá se le llama tiempo dos.

Todos los músicos formados en un conservatorio y los que ellos forman a su vez comparten un convenio a la hora de contar: llaman uno al tiempo más fuerte de la música (el más fácil de identificar en general) y siguen contando desde ahí.

Siguiendo esta cuenta musical el triple o "chacha-CHA" queda situado en los tiempos cuatro (chacha) y uno (CHA) porque ahí es donde lo ejecutan los músicos y ese es el final del ritmo básico. Así que lógicamente el siguiente ritmo empieza en el siguiente tiempo: el tiempo dos según la cuenta musical.

Algunos bailarines (y profesores de baile) prefieren no usar la cuenta musical y utilizar en su lugar una cuenta de pasos en la que los pasos (que no tiempos) del ritmo básico se comienzan a contar desde el uno. La razón es que lo encuentran más fácil para contar los pasos, pero requiere conocer como información adicional no explícita a qué tiempo musical corresponde ese paso uno que no necesariamente es el tiempo uno. Esa correspondencia es además distinta para cada baile. Algunos bailes como la Salsa permiten más de una correspondencia válida según el estilo, otros como el Chacha-chá no, sólo admiten una.

El problema surge cuando alguien que ha aprendido a contar desde uno ( y no desde dos) cree que ese uno se refiere al uno musical. El resultado es que baila el triple en los tiempos tres y cuatro mientras la percusión y el bajo lo marcan en cuatro y uno. Es decir, baila fuera de música.